Después de instalar un servidor Linux Ubuntu, Docker, Portainer y algunos contenedores, (puedes ver los pasos en Cómo Instalar Docker en ubuntu 20.04), en poco tiempo se nos alerta que hay alguna actualización de Portainer:

Por lo tanto hay que hacerlo por consola a través de SSH.
Ya en la consola, detenemos el contenedor:
docker stop portainer
Eliminamos el contenedor:
docker rm portainer
Traemos la última versión:
docker pull portainer/portainer-ce
Volvemos a crear y correr el contenedor con la última versión:
docker run -d -p 8000:8000 -p 9000:9000 -p 9443:9443 --name=portainer \ --restart=always \ -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock \ -v portainer_data:/data \ portainer/portainer-ce
Volvemos al navegador y verificamos que ya estamos utilizando la última versión.